世界は異常気象に覆われており、怪獣たちも目を覚まし始めた。 タッコングとザザーンは東京湾で戦いを開始。 （いきなり暴れだすその姿はいつ見ても興奮する） それを知ったＭＡＴも出撃をする。
坂田自動車修理工場では坂田健と郷秀樹が郷のレース用のマシン流星号を作成中だった。 そんな時、健の弟である次郎が怪獣を見に行くといって飛び出していく。 郷は次郎を連れ戻そうと後を追う。 ザザーンを倒してさらに暴れるタッコングを見ている次郎。
そこへ郷が追いつきその時、ＭＡＴの加藤隊長や丘隊員に「子供を助けてくれ」という母親を目にして、 （子供が鳩を逃がそうとして飛び出している） 丘隊員が救出に行こうとするのを止めて郷は自分が救出に向かい、郷は子供とその途中に子犬までも救出する。 しかし、タッコングが破壊した建物の破片の下敷きとなり重傷を負う。
その直後、猛威を振るっていたタッコングに不思議な光がまとわりつき、それを嫌ったタッコングは海の中へ逃げる。
郷は病院に運ばれる。健の妹であり、郷の恋人でもあるアキは「献血ならいくらでもする」と医者に言い、 坂田も病院に駆けつけ「流星号は完成したと」必死に励ますが、坂田３兄妹や加藤隊長たちの願いもむなしく郷は息を引き取る。 坂田兄妹は郷への送り火として流星号を燃やす。 （ここは坂田健役の岸田森の演技が冴える）
その頃、郷の死体が置かれている病院に半透明状態の新ウルトラマンが現れる。 タッコングを追い払った光の正体は新マンのスペシウム光線だったのだ。 （半透明の状態ではスペシウム光線も怪獣を追い払う程度の威力しか出せないのだろう）
新マンは「君の姿に感動した」と郷の死体に語りかけ、「このままの状態では地球にとどまることはできない。 だから君に命を預ける」と告げて、新マンは郷の体の中に……。 そして郷は甦る。
甦った郷に加藤隊長はＭＡＴ入隊を勧める。困惑する郷。 その時郷は怪獣の鳴き声が聞こえ、どこへともなく車を飛ばす。 加藤隊長も怪獣出現の報を聞き朝霧山へ向かう。
朝霧山ではアーストロンが暴れており、ＭＡＴが攻撃するもマグマを吐いて益々凶暴に！
朝霧山にたどり着いた郷は建物の残骸の下敷きになった老人とその孫娘を救出。 その時、郷の体は光に包まれ新ウルトラマンとなり、アーストロンに戦いを挑む。
アーストロンは怪力や尻尾やマグマを吐いて新マンを苦しめる。 新マンもパンチや投げ技で対抗してついにアーストロンの角を叩き折り、スペシウム光線で倒す。
戦いが終わり倒れている郷をＭＡＴ隊員たちが発見し、気がついた郷はＭＡＴのメンバーを紹介され、入隊することになる。
そんな郷に新マンはテレパシーで「君はもう、ウルトラマンなのだ」と語り、郷は人類の自由と幸福を脅かすものと戦う決意をするのだった。
ＭＡＴに入隊した郷は新マンと合体したことにより剣道・柔道・射撃でも超人的な腕前を身に付けていた。 剣道でまず上野を、そして有段者の丘隊員を破り、柔道で南、そして射撃で岸田を破る。 （敗れた後の対応で丘は愕然とし、南は素直に認め、岸田は口惜しがって皮肉をいったりと個性が出ている）
そんな折にタッコングが再び出現、ＭＡＴは東京湾で２台のマットサブで挟撃する作戦を取ることにする。 しかし慢心して自分の力を過信した郷は南が止めるのも聞かず単独攻撃を開始して失敗。 それならばと新ウルトラマンに変身しようとするができない。 南はタッコングの反撃で負傷してしまう。
南は自分のミスだと郷を庇うが、マットサブ内のレコーダーから、郷の思い上がりから出た行動だと知っている加藤隊長は郷を叱責し、 除隊処分として坂田のところへ帰るように言う。
郷は坂田にまたレーサーを目指したい、いっしょにやりましょうというが、坂田は「もうお前と組む気はない！」 「その気がないなら何でお前をＭＡＴになんかやるか！」と冷たくあしらう。
その場では感情的になり飛び出してしまうが、その後１人で考え、郷は自分の思い上がりに気付いて反省し、 ウルトラマンになる前に郷秀樹として最大限までの努力をしなければいけない事を知る。 （後に郷は「タロウ」34話で「自分の力を過信すると痛い目に会う」と光太郎に警告するが、 この話を見ると郷自身が経験しているから説得力がある）
その頃、ＭＡＴの攻撃で負傷したタッコングはオイルパイプを破壊して工業地帯に上陸する。 怪我を押して南は機械室に閉じ込められた人々の救助に行く。 しかしタッコングにオイルタンクをやられピンチに、その時機械室に向かう郷の姿が！
郷は南や工場の人々の救助に全力を尽くす。 そして機械室にも火が廻ってきた時、郷は新ウルトラマンの姿になることができた。
燃える工業地帯の中戦いが始まり、タッコングは口からオイルを吐いて新マンを攻撃するが、スペシウム光線で反撃され倒される。
事件後、坂田にお礼を言いに来た加藤隊長と郷に対して、坂田は休暇のときに郷と一緒に流星２号を作りたいと言い、 郷は大喜びでうれし泣きをする。
霧吹山、その名の通り霧がよく出て別名魔の山と呼ばれている。 この山を征服しようと挑戦していた登山者が怪獣サドラーに襲われる。
その頃、郷と上野は霧吹山付近の上空をパトロールしており、郷は怪獣の姿を発見するが、上野は信じてくれない。 その時撮った写真も見ただけでは怪獣の尻尾なのか、ただの岩肌なのかはっきりとしない。
今度は南や岸田も霧吹山へ行く。そこで郷は怪獣の声を聞いたと主張するが、南、岸田、上野には聞こえない。 郷と他の隊員の対立は益々深まる。
翌日、郷は坂田とマシンの打ち合わせやアキにギターを教えていても怪獣のことが気になってしまう。
その頃、加藤隊長は隊員たちのわだかまりをなくすため自ら霧吹山に登っており、サドラーに襲われピンチに！ 連絡しようとするが、この山の岩は磁石になっており電波が狂い通信不能。加藤隊長は洞窟に避難する。
夕方、隊長が行方不明と連絡を受けた郷は隊長は霧吹山にいったと判断して救助に向かう。 そして隊長を探しながら、少年時代に山で遭難して救助隊より100m先の場所で亡くなった自分の父親のことを思い出す。
翌朝、郷はついに洞窟にいた加藤隊長を発見し、「隊長は自分の思ったとおりの人だった」と感激する。 「こんなところに１人で来る奴があるか！」といいながら加藤隊長の目も潤む。
サドラーの姿が見えないうちに霧吹山を降りようとした２人だがそこにデットンが出現。 爆弾を使って怪獣の足止めをして逃げようとするが、サドラーも再び現れ、２匹は戦いを始め、そして郷は岩に足をはさまれてしまう。 加藤隊長はなんとかＭＡＴ本部に連絡をとろうとするが、２匹が加藤隊長を見つけ襲おうとする。
そこで郷は新マンに変身して２匹と戦いが始まる。 （ウルトラシリーズ初のウルトラマン対複数の怪獣との戦い） ２匹からの同時攻撃を受け、サドラーのハサミが新マンの後ろから襲う。 苦戦するなかついにカラータイマーが点滅！ しかしまずはスペシウム光線でデットンを、ウルトラスラッシュでサドラーを倒すことに成功する。
郷と加藤隊長は迎えに来たＭＡＴ隊員たちと無事に再開を果たした。
第１原子力発電所の2km先に怪獣出現の情報を得たＭＡＴは出撃をするが、郷の乗ったマットアローは撃墜される。
そして新マンに変身して戦うが怪獣キングザウルス３世のバリアには、スペシウム光線や他の光線技は通用しない。 さらに怪獣の吐く光線や角で攻撃され左足を負傷して敗北してしまう。 郷は全治１週間の怪我をして入院。
その後ＭＡＴの調査で怪獣の吐く光線に放射能が含まれており、ウランを狙っていたことが分かる。 加藤隊長は再び原子力発電所が襲われることを危惧する。
アキと次郎が郷の見舞いに行こうとすると丘隊員の運転している車がやってくる。 アキと次郎は乗っけてもらって病院へ。 アキたちは仕事の話と言うことで席を外してくれと郷に言われる。 そこで、次郎が郷と丘隊員のことを茶化す。 その時は次郎を怒るがアキは少しさみしかった。
夜、郷はキングザウルス３世に負けたときの夢を見てうなされる。 その後、郷はバリアを飛び越えて怪獣を攻撃することを思いつき病院を抜け出し特訓を開始する。 丸太を持って走って足腰を鍛えたり、ジャンプの特訓を行なう。 （そしてＭＡＴも怪獣の頭上を攻撃することを思いつき特訓をしている）
郷が病院を抜け出したことを知り、加藤隊長は坂田兄妹にも連絡をする。 坂田は郷がレーサーを目指していた頃よく特訓をしていた平井峠ではないかと思ってアキと次郎に様子を見にいくよう頼む。
そこで郷は懸命に特訓をしており、ようやく納得がいくジャンプが可能になる。 それを見ていたアキはちょっぴり郷と丘隊員のことを疑っていたことを反省！
そして再び原子力発電所の付近に再びキングザウルス３世が出現。郷も現場に向かう。 ＭＡＴの頭上攻撃もなんのそのキングザウルス３世は発電所に接近していく。
郷は変身。しかし慎重に様子を見たまま攻撃をしかけない。 ついにカラータイマーが点滅！ しかしキングザウルス３世がバリアを張った時、ジャンプ！ バリアを飛び越え流星キックで角を折りバリアを破る。 逃げようとするキングザウルス３世にスペシウム光線が炸裂！こうして東京は停電を免れた。
次郎が地下商店街付近の工事現場からアンモン貝の化石のくっついた物体を発見し、ＭＡＴに報告。 岸田と郷が調査。岸田はただの岩石と判断（シャベルで叩いただけで！）。 念のため岸田は物体にマットシュート撃つが、郷は物体から鼓動が聞こえたので「もっと調査を」と主張し２人は口論になり、 加藤隊長が郷をなだめる。
そんな時、南と上野が地震の調査に向かった現場で怪獣グドンが出現。 報告を受けた岸田と郷はＭＮ爆弾を装備したマットアローで攻撃しようとするのだが、郷が少女を発見したため、ＭＮ爆弾は撃てなかった。 グドンは地底に潜ってしまう。
岸田は少女がいたことを信じず２人は再び口論になる。 加藤隊長は郷に３日間の謹慎を命じる。 郷は謹慎先の坂田家に向かう途中、工事現場によって物体を持っていこうとしたが、すでに物体は地中深くに埋まっていた。
謹慎を受けても少女を見たという核心があるなら胸を張っていればいいと坂田は郷を励ます。 そこへアキが友人と話しながらやってくる。そして再びショッピングへ向かう。 地下の商店街付近に例の物体が埋まっており、不安を感じる郷だった。
その不安は的中し、地震が起きてアキたちは生き埋めになってしまい巨大化した物体が現れる。 郷や坂田達は現場に向かいアキ達を救出しようとする。
その頃ＭＡＴに岸田長官がやってきた。 非常召集の報告を受け郷もＭＡＴ本部へ向かう。 物体は怪獣ツインテールの卵と推測、グドンはツインテールを常食としており狙っている。 そのため卵をＭＮ爆弾で物体を焼き払うように長官は命令する。 そこへ郷が到着し地下に５人の人間がいると反論するが、長官は「もしもの時は５人のことは忘れよう」と却下する。 憤慨した郷は襟のＭＡＴバッジを置いて「ＭＡＴをやめる！」と本部を出て行く。
長官は念を押して厳命。 そこで「いざというときはウルトラマンが来てくれるさ」とＭＡＴ長官にあるまじき発言もする。
しかし加藤隊長は地下の５人の救助を優先してその後に怪獣を攻撃することにする。
上野は郷にＭＡＴに戻るように（上野自身のＭＡＴに対する思いも込めて）言いながら、一緒に救出活動を手伝う。 もう少しで生き埋めになった人達の救出が完了というところでツインテールが卵から孵化する。
郷は新マンに変身。 しかし２本の尻尾で首を絞められたり、足に噛みつかれたりと苦戦する。 カラータイマーが点滅、そこへグドンも出現し３つ巴の戦いになる。 新マンは勝てるのか！そして地下に閉じ込められたアキ達の運命は！
２大怪獣の前に新マンは力尽きて姿を消す。グドンとツインテールは戦いを続ける。 その最中ＭＡＴは倒れている郷を発見し、南と上野が郷を救助する。 ２匹は戦いながら海の方に姿を消す。
ようやく地下からアキも救出されるが絶対安静の状態。 南と上野にＭＡＴに戻るようにいわれるが郷はそれを断ってアキのそばについているのだった。
長官は命令に背いてＭＮ爆弾使用しなかったことを怒って加藤隊長を罵倒する。 そこにグドンが夢の島に出現の報告を受け、ＭＮ爆弾を使用するがグドンには効果がなかった。
新しい作戦を考えるＭＡＴ。長官は佐竹参謀のアイディアを受けてスパイナーを使用することを決める。 スパイナーは小型水爆並みの威力があり使えば東京は壊滅状態になると加藤隊長は反論するが、聞き入れられず都民に避難命令が出される。 （長官は首都を怪獣に蹂躙されて黙ってみていろというのか！と言うが、スパイナーを使うぐらいならそっちの方がまだましな気がする）
アキが入院している病院も移動することになる。だがアキは重傷で遠くまでの移動は不可能。 坂田はアキを自宅に連れて帰る。ＭＡＴのメンバーが坂田家を訪れて危険だと語る。
坂田は子供のときの東京大空襲の時でも疎開しなかった母親のことを話す。 岸田は「しかしスパイナーは鉄も溶かしてしまう」と忠告する。 郷は「あんなものを使えば東京はいったい...」と絶句し、坂田は郷に次郎をどこかに非難させてくれと頼む。 だが、次郎は「いやだ！」拒否して坂田にしがみつく。 郷は「ＭＡＴの使命は人々の自由を守り、それを脅かすものと戦う。 隊長！そのためにＭＡＴはあるんじゃなかったんですか！」と反論し、加藤隊長も同意する。
郷はＭＡＴに戻り、加藤隊長は長官を再び説得しようとする。 だが長官は「スパイナーの方が遥かに威力がある」と言って首を縦に振らない。
そこへ怪獣出現の前兆らしい震動が起きたとの報告も入り、再び隊長が！そして岸田も！ さらに他のＭＡＴのメンバーも長官の説得しようとする。 その熱意に長官は失敗したらＭＡＴは解散という条件ながらスパイナー使用を中止。
全てを賭けて戦う覚悟のＭＡＴは２台のジープが10m位までまで接近してツインテールの目を狙い攻撃し、片目を負傷させる。 しかし１台の砂地でうまく動かなくしまい郷は囮となる。
そこへグドンまでも現れ大ピンチに！郷は新マンに変身して戦うが苦戦。 ＭＡＴもマットバズーカ、マットシュート、手榴弾で懸命に援護し、ツインテールとグドンにダメージを与える。 ついに両目ともツインテールは負傷し動きが鈍くなる。 そこをグドンに噛み付かれて投げ飛ばされてツインテールは力尽きる。 グドンも新マンのスペシウム光線で倒れた。
死闘を終えて砂塵の中から隊員たちの姿が現われる。 隊員たちと硬い握手を交わす加藤隊長。 その頃アキの体調も回復に向かっていた。
・更新日：2011/03/18・ページ製作者：トータス砲