おおとりゲンが城南スポーツクラブで鉄棒や空手を披露しているシーンで「おおとりゲン２０歳。彼がこの物語の主人公である」という ナレーションと共に始まる。 （そこで画面が一転する）
地球を守るために再びやってきたウルトラセブンは黒潮島でブラックギラスとレッドギラスの双子怪獣と戦っていた。 ２匹が合体して回転するギラススピンはアイスラッガーも弾き返す。 ２匹を操るマグマ星人も出現し、セブンは片足を折られ絶体絶命のピンチを迎える。
そこへ颯爽とレオが出現してセブンと共に戦う。 マグマ星人はセブンにサーベルからのビームでダメージを与えた後、双子怪獣と共に一時退却。
モロボシダンの姿となったセブンにゲンの姿となったレオが駆け寄り、自分の星獅子座Ｌ77星はマグマ星人と双子怪獣に滅ぼされ、 地球を第２の故郷と定め生活していたと語る。 そんなゲンにダンはお前の手で地球を守れという。 「あなたがいるじゃありませんか！」と反論するゲンに「セブンはもういない！」と言いながらウルトラアイを構える。 そうするとウルトラアイは焼け爛れてしまう。 ダンはさっきの戦いで重傷を負い、セブンになることはできなくなってしまったのだ。 ゲンはＭＡＣ入隊を決意する。 ダンは夕日を指して「あそこに沈む夕日が私なら、明日の朝日はウルトラマンレオ！お前だ」と語る。
スポーツセンターの人達はゲンがＭＡＣに入隊したのを喜んでくれたが、反面ゲンがスポーツセンターをやめてしまうのではという不安も子供達によぎるが、 ＭＡＣの仕事がないときは指導員として来ると言うことを聞いてカオルたちはさらに大喜び。
その頃、再び双子怪獣が出現し黒潮島を沈没させてしまう。 ＭＡＣはパトロールするが何も証拠もつかめず、レーダーにも映らないので「マグマ星人や双子怪獣のしわざ」と主張するゲンと （ゲンの目には海中の双子怪獣の見える）他の隊員は対立する。
ダンは「私たちは宇宙人だが人間として暮らしている」「人間には人間のやり方がある」と教えるが、ゲンは納得しない。 またダンは「お前１人の力では勝てない」とも言ったが、その忠告を聞かずにゲンは東京に移動して暴れる双子怪獣に挑むが、強力な双子怪獣の前に苦戦。 それを見てダンは「ウルトラマンレオがやられる。東京は沈没する！」と絶叫する。
レオと双子怪獣の戦いの最中にゲンの恋人である百子がカオルを庇って重傷を負ってしまう。 さらにマグマ星人も出現してレオは益々苦境に陥る。 寿命が縮むのを覚悟でダンは唯一残った能力のウルトラ念力でマグマ星人や双子怪獣の動きを鈍らせる。 （使用した後、ダンは体力を使い果たし一度倒れる）レオは２匹の角を折り退却させる。
倒れていたダンにゲンが駆け寄ると忠告を無視したことや、故郷を滅ぼされた憎しみだけでマグマ星人や双子怪獣と戦ったことで怒鳴られる。 そして怪獣を退却させたのは自分の力だと思っていたゲンにダンは自分の力もあったことを教え、戦いの最中に百子が重傷を負ったことをも伝える。 傷ついた百子の姿を見たゲンは森で修行しようとする。 そんなゲンにダンは「スピンにはスピンだ！」ときりもみキック覚えろと言い渡す。
しかしゲンは百子のことが気になり特訓に集中できない。 そんなゲンにダンは技を取得するまで続けることを厳命する。 そしてキックで岩の一部が欠けたがダンはそれ位ではダメだと岩を（大きく）割るまでと特訓が続く。
その頃、角を直した双子怪獣が再び出現、ＭＡＣの攻撃では歯が立たず、次々と墜落していく。 苦心の末、ようやくきりもみキックを取得するとゲンはレオに変身。 マグマ星人のサーベルや双子怪獣の光線に苦戦しながらも、きりもみキックで双子怪獣の首を切り倒す。 それを見てマグマ星人は宇宙へ退却。
沈没した島は元に戻り（15話などでは沈没したままということになっているが）百子も回復し、 ゲンに夢であなたが助けてくれたとお礼をいったあと、カオルと遊ぶ。 それを見守るゲンにダンは「お前がこの大自然を守ったんだ」と励ます。 こうしてレオの戦いは幕を開けた。
トオルとカオルの兄妹が父親と共に仲良くスポーツセンターから帰る途中に何者かが襲ってきて父親を斬殺！ そしてレオの顔の金属片を置いて去っていく。 トオルはレオが父親を殺したものと思い怒る。
３日後、兄妹はＭＡＣの鈴木隊員が引き取ることになるが、その帰宅途中に今度は鈴木隊員が犠牲になってしまう。 （彼らの死体は首がない。こうした斬殺シーンはインパクト大！） 怒りに燃えるゲンにダンは例の金属片は宇宙金属でできている、そして私がいいというまで手を出すなとゲンに命じる。 そしてダンは夜中、自ら囮となり、通り魔と戦う。 そこへゲンも駆けつけるが、ダンが突き飛ばしゲンを失神させる。
ダンは通り魔がツルク星人だと見抜き、気が付いた後、抗議しにきたゲンに突き飛ばさなければ、 ゲンは星人の２段攻撃で死んでいたと言い、星人の２段攻撃に対抗するための特訓を命じる。
そこへ巨大化したツルク星人が出現したと報告が入る。だがＭＡＣの攻撃は通用しない。 一度退却後、ダンは全機のスピードを倍にするよう指示するが、ゲンと２人だけになると、 それでは勝てない！勝つにはウルトラマンレオしか方法がない！ お前は必ず勝たねばならないと叱咤する。 ツルク星人の左右からの２段攻撃に対し、３段攻撃を得るための特訓に励むゲン！
その後ダンは１人になると壊れたウルトラアイを見つめながら自分がマグマ星人達との戦いに敗れなければ、 レオにこれほどの苦しみを味あわせなくても済んだと口惜しい思いにかられる！ さらに自分を信じスピードを倍にすれば星人に勝てると思っている隊員の姿もダンの苦悩をさらに深くする。
ゲンの特訓は続くが技は完成せずに時間だけが過ぎていく。ついに星人が再び出現！ ＭＡＣは立ち向かうが星人の刃の前に次々と撃墜していく。 それを見ていたゲンは技が完成しないままレオに変身して立ち向かう。 それを見てトオル達は父親を殺したのはツルク星人と気づく。 レオは懸命に戦うが星人の刃の前に大苦戦して海中に沈んでしまう。
レオは海中に沈んだまま、浮き出てこない。レオを倒した後も猛威を振るうツルク星人。 ダンは電線を利用して星人に電気ショックを与えて一時退却させることに成功。 （このシーンではセブンのＢＧＭが流れる）
その後、百子・猛・トオル・カオルは夜通しゲンを捜索する。 この時ダンでさえゲンは死んだと思っていて、ゲンのことを考えるといたたまれなくなるダン。
だが朝の５時頃スポーツセンターからダンにゲンが発見されたと報告が入りスポーツセンターに向かい、 みんながゲンを看病しているなか、ダンはゲンを連れ出す！ ダンは「なにかというとレオに変身するお前の心を許せない！」と技の完成前に変身したことに怒り、 星人を破るため滝の水を切る特訓を行なわせる。
そこへ再び星人が出現。ＭＡＣの攻撃をものともせずビルを破壊する。 猛とトオルが危機に陥り、それを見ていたダンは自分の寿命を縮めることにもなるウルトラ念力を使って星人の動きを封じた。 星人はまたも一時退却をする。
しかしゲンの技はまだ完成しない。 念力を使い衰弱した体でゲンの特訓場所に向かうが、そこで「僕にはできない！」と弱音を吐くゲン！ ダンは「その涙はなんだ！」「お前の涙で敵が倒せるか！」と激怒！ そして滝の流れに目標を見つけるのだと忠告。そこでまた星人出現の報告を受けダンは現場に向かう。
ツルク星人はダンを徹底的に狙って攻撃する。（あれだけ邪魔されたから怒ったのだろう） 危機に陥るダン！その頃ゲンは滝と一緒に流れる桜の花びらを目標にして滝の水を切ることに成功。 再び変身して星人に立ち向かい、ついに星人の両腕を切断！その両腕は星人の体に突き刺さり、ツルク星人は倒れた。
トオルとカオルは百子が面倒を見ることになり、ゲンも２人に遊びにいくことを約束する。 兄妹は笑顔を取り戻した。
城南スポーツクラブの人達は親と一緒にピクニックへ。 だが父親をツルク星人に殺されたばかりのトオルは元気がない。 親と一緒の子供をうらやましそうにみつめる。 そんなトオルにゲンはお父さん代わりになるとトオルを励ますが、怪獣出現の報告が入る。 再びトオルはすねて、みんなを困らせる。その態度を見ていてゲンは出撃が遅れてしまう。
その頃、ＭＡＣは怪獣カネドラスのドラスカッターに歯が立たずにマッキーは何機も撃墜された。 カネドラスが１度月の裏側に引き上げた後、ダンはゲンに対して「トオルを思う気持ちは分かるがそれは感傷だ！ その間に何人ものトオル（孤児）ができたのかもしれんのだ！」と叱責！ そして容易な相手ではないとゲンに忠告する。 ゲンはダンが考案し、大村が作成したカッターと手足のお化けのようなマシンを相手にスポーツセンターで特訓を開始。
しかしすねてまともに跳び箱も飛ぼうとしないトオルの様子が気になり特訓に集中できない。 ゲンはダンに１人の孤児も救うことができないと弱音を吐く。 そこへカネドラスが再び出現の報告が！ ダンは口先で逃げるような奴は足手まといだと激怒してゲンに特訓を続けることを命令！ スポーツセンターの人達は非難するが、すねたトオルは非難しない。困り果てる大村達。 ゲンはようやくマシンを攻略！そのマシンの刃の部分が大村に向かってしまう。 大村は真剣白刃取りで受け止め自分でもびっくりする。
その頃、トオルを心配して猛達を振り切ってカオルがスポーツセンターに戻ってくる。 その姿を見てトオルは反省し、迷惑をかけたことをカオルに謝る。 そんな２人にカネドラスが迫る。二人は車の中に逃れるようとするが大ピンチに！
ゲンは変身して２人を庇い盾となってカネドラスの受ける。 その様子を見つめるトオルに亡き父親の声が！ 「トオルはお父さんの子だろう？でもそれだけかな？カオルのお兄ちゃんじゃないのかな！...」 その声を聞いた後、トオルはレオを励ます。 それに応えるようにレオは反撃に移り、ドラスカッターを真剣白刃取りで受け止め、 カネドラスに投げつけ！レオキックでとどめを刺す。
元気を取り戻したトオルはゲンやカオル達が見守るなかで跳び箱の練習をして、ついに成功して大喜びをした。
白土隊員が会議に出席するため宇宙ステーションから地球に来ていた。 ゲンは白土の恋人の葉子を送り届ける途中、カーリー星人に遭遇。 星人は巨大化して葉子を踏み潰してしまう。
ゲンはレオに変身するも星人の肩の刃を使った攻撃に敗退。 白土はゲンやウルトラマンレオを非難する。ダンもゲンを非難しゲンは悲しみ落ち込む。
白土は星人への復讐ため、射撃の特訓を開始。 落ち込んでばかりいると思っていた白土隊員がとゲンも落ち込んでばかりいられないと、丸太を星人の肩の刃に見立てて特訓を開始。 （そのハードさに当初、大村や百子たちも正視できない）
夜のパトロール中、白土はカーリー星人に襲われる女性を救助して格闘となり眉間が弱点と判断して、 翌日ダンに隊員たちが力を合わせて戦えると作戦を提案。 ダンも了承して作戦が開始される。 だがゲンはＭＡＣ隊員では星人に勝てないと反対！ だがダンに「地球人は星人を倒そうと一生懸命だ！宇宙人のお前が何を言う！」と一喝される。 ゲンは「僕だって地球を愛している」と反論するが「だったらウルトラマンレオのあのザマはなんだ！」とさらに怒鳴られる。
再び星人が現われると、黒田や青島は星人と戦って負傷。白土もゲンもそれぞれ特訓を再開！ だがゲンの特訓の成果は出ない。その間にも隊員は次々と負傷していく。
業を煮やしたダンは「お前のやっていたことは訓練ではない！ この丸太にお前を憎しみ突き刺す心があるか！」とジープを使いそれに立ち向かえという、さらにハードな特訓をゲンに課す。 ゲンが「やめてくださいーーー！」と絶叫を繰り返し崖から落ちるほどだ！
星人が再び出現！白土が攻撃するが、巨大化した星人には通用せず、逆に瓦礫が白土を襲う。
ゲンはレオに変身！ 肩の刃からの光線などに苦戦するが、ついに肩の刃を切断してそれを顔に突き刺して倒す。
戦いを終えた白土はレオには感謝するがゲンには「お前もしっかりやるんだな！」と言って宇宙ステーションに戻っていく。 怒ろうとしたゲンをダンが肩を叩いて止めて「よくやった。命ある限りこの地球を守ろう」と改めて２人は誓い合った。
・更新日：2011/03/18・ページ製作者：トータス砲